深圳市宝安区土地整备中心成立于2012年6月，是宝安区政府直属事业单位，由原宝安区城市轨道交通工作领导小组办公室、宝安区土地储备开发中心、宝安区土地房产事务中心整合组建而成，并加挂“深圳市宝安区城市轨道交通工作领导小组办公室”牌子。
中心内设综合部、政策法规部、计划合同部、征收业务部、轨道建设部、工程管理部等6个部门，主要职能包括：(1)负责全区土地整备和政府投资项目补偿工作。(2)负责全区土地整备涉及的填海工程实施工作，土地平整及“七通一平”等事项的申报及工程实施工作。(3)负责全区政府投资地质灾害治理勘察、设计等前期工作。(4)协助做好全区范围内轨道交通线位规划研究工作，协调处理轨道建设过程中引发的问题。(5)组织土地整备有关培训工作。(6)承担区政府交办的其他事项。