北京是我国自主创新的先进地区，高校及科研院所资源丰富，战略性新兴产业的支柱地位初步形成，并明确提出了“建成具有全球影响力的科技创新中心”的战略目标。为进一步统筹、激活北京的创新资源，并在体制机制上创新，为我国创新体系建设探索先进模式，北京市决定以北京地区的著名高校和各领域的知名企业为基础，组建符合现代创新要求的“北京协同创新研究院”。

研究院以构建产学研相结合的创新体系为核心，采取开放式、集团式的方式，“整合一批世界一流的大学，聚集一批世界一流的高端人才，创造一批世界一流的科技成果，培育一批世界一流的高科技企业”，致力打造“原创科技的策源中心、行业技术进步的促进中心、大企业的技术创新中心和中小企业的产品创新中心”，并最终形成国际一流的创新中心。

研究院在发展上以协同创新为导向，按照各产业领域的技术需求，组织最优秀的大学科研团队设立研究实体，并遴选出覆盖该领域全产业链的若干企业结为创新共同体，共建协同创新基金，系统开展该领域共性技术、关键性技术和前瞻性技术的研发与转化，项目完成后由中心内最适合企业组织实施产业化，形成“目标一致、责任共担、利益共享、行动同步”的“正金字塔”的协同创新中心。同时采取“双课堂、双导师、双身份、双考核”的模式，在创新中培养产业领袖，并以知识产权与地方进行产业发展的合作。实现大学与大学协同、大学与产业协同、企业与行业协同、创新与人才培养协同和首都知识经济与地方产业经济协同。